Я не могу попасть на некоторые сайты, если я использую PPPoE.

Используйте /ip firewall mangle чтобы изменить MSS (maximum segment size - максимальный размер сегмента) на величину, меньшую на 40 байт, чем MTU вашего соединения. Например, если Вы имеете шифрованый PPPoE линк с MTU=1492, установите mangle правило следующим образом:

/ ip firewall mangle
add chain=forward protocol=tcp tcp-flags=syn action=change-mss new-mss=1448